Στα Σχολεία και στο Νοσοκομείο της Ορθοδόξου Ελληνικής Κοινότητας Θεσ/νίκης κληροδοτούσε με την πρώτη διαθήκη ετήσιο εισόδημα 12.000 φράγκων και έδινε εντολή στους εκτελεστές της διαθήκης να εγγράψουν δια των Hottιnger & Co το εισόδημα αυτό σε γαλλικά χρεόγραφα.
Και αυτό όμως το κληροδότημα το τακτοποίησε ενώ ακόμη ζούσε, γιατί το Δεκέμβριο του 1879 και τον Απρίλιο του 1880 επέτυχε να εγγράψει στο δημόσιο χρέος της Γαλλίας υπέρ των ευαγών καταστημάτων της Θεσσαλονίκης ετήσιο εισόδημα 12.000 φράγκων.
Επιπλέον στη δεύτερη διαθήκη εκφράζει τη στοργή του προς τη Θεσσαλονίκη με την επιθυμία ιδρύσεως ασύλου, το οποίο θα ονομαζόταν "Γηροκομείο Μελίτη". Σ' αυτό θα κατέφευγαν προς συντήρηση τελείως γέροντες και των δυο φύλων, πτωχοί ή ανίκανοι για εργασία ανήκοντες στην Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία.
Για την ίδρυση του Γηροκομείου του προσδιόριζε τα τοκομερίδια εισοδήματος 4.000 φράγκων που είχε εγγράψει σε χρεώγραφα γαλλικού δημοσίου εκτός των προαναφερθέντων 12.000 φράγκων. Επί πλέον έδινε εντολή στους εκτελεστές της διαθήκης του, ό,τι θα έμενε από τις πληρωμές και υποχρεώσεις κατά την εκκαθάριση της περιουσίας του να το χρησιμοποιούσαν για πρόσθετη εγγραφή σε γαλλικά χρεώγραφα, των οποίων το εισόδημα θα προοριζόταν και πάλι υπέρ των ιδρυμάτων της Θεσσαλονίκης.
Υποδείκνυε μάλιστα οι σχετικοί τίτλοι να εξασφαλίζονταν ή στην Ελληνική Τράπεζα των Αθηνών ή στο θησαυροφυλάκιο της Ελληνικής Κυβερνήσεως ή σε οποιονδήποτε άλλον τόπον που θα πρότειναν οι Hottίnguer & Co,γιατί επιθυμία του ήταν αυτοί οι τίτλοι να παρέμεναν αναπαλλοτρίωτοι και μόνον το εισόδημά τους να χρησιμοποιούνταν για τη λειτουργία των ιδρυμάτων. Εφιστούμε την προσοχή στην έντονη επιθυμία του διαθέτου να μην αλλοτριωθεί η βούλησή του.
Πού όμως οφείλεται η μεταβολή της βουλήσεως του Ι.Ν.Παπάφη και η απόφασή του να ιδρύσει τελικά ορφανοτροφείο αντί γηροκομείου; Είδαμε ότι ο Θεσσαλονίκης Ιωακείμ τον παρότρυνε να ανιδρύσει το Γυμνάσιο ή τα Δημοτικά Σχολεία, όπως ο Θεαγένης το Νοσοκομείο και ο Δημ. Ιωννίδης το Παρθεναγωγείο. Του τόνιζε τη μεγάλη εθνική προσφορά των εκπαιδευτηρίων στο χώρο της Μακεδονίας και της Θράκης.
Οι έφοροι του μιλούσαν για τις οικονομικές δυσχέρειες εξαιτίας των οποίων κινδύνευε η λειτουργία των Εκπαιδευτηρίων και κατ' επέκταση η ολεθρίως επαπειλουμένη προγονική γλώσσα. Περί των "αριπρεπών καί φωτιστικών" κέντρων όλης της πολυπαθούς Μακεδονίας του έγραφε και ο Θεσσαλονίκης Καλλίνικος. Όλοι δηλαδή του υποδείκνυαν τα Σχολεία ως τον αξιολογότατο χώρο πού έπρεπε να αρδεύει το πλήρωμα της αγάπης του. Και όντως έλαβε σοβαρά υπόψη του τις υποδείξεις και προτροπές.
Με επιστολή του που την απηύθυνε στις 10 Οκτωβρίου 1884 ΄΄προς τον αξιότιμον κύριον Πρόεδρον και τους κυρίους Αντιπροσώπους της Ελληνικής Ορθοδόξου Κοινότητος "Θεσσαλονίκης. Εξέφραζε "την εγκάρδιον ευχαρίστησίν" του για τις διαβεβαιώσεις που του παρείχαν γύρω απο τις "ευνοϊκές" συνθήκες ιδρύσεως ορφανοτροφείου, γιατί έτσι πλέον του δινόταν η ευκαιρία να υλοποιήσει ό,τι ποθούσε η καρδιά του.
Εξουσιοδοτούσε τελικά τους γενικούς κληρονόμους του ό,τι είχε προορίσει για την ίδρυση γηροκομείου να το διαθέσουν για "την κατάρτισιν ορφανοτροφείου διαρκούς''. Η επιστολή επέχει θέση και ισχύ διαθήκης, διότι γράφηκε ιδιοχείρως και η γνησιότητα της υπογραφής, κατ' επέκταση και της βουλήσεως, βεβαιώθηκε αυθημερόν από το συμβολαιογράφο Μάλτας Παύλο Βασάλου.